Giornata 1 – giovedì 20 settembre 2012 Napoli – AIK Solna 4-0
Giornata 2 – giovedì 4 ottobre 2012 PSV Eindhoven – Napoli 3-0
Giornata 3 – giovedì 25 ottobre 2012 FC Dnipro – Napoli 3-1
Giornata 4 – giovedì 8 novembre 2012 Napoli – FC Dnipro 4-2
Giornata 5 – giovedì 22 novembre 2012 AIK Solna – Napoli 1-2
Giornata 6 – giovedì 6 dicembre 2012 Napoli – PSV Eindhoven 1-3
Andata 16° di finale – giovedì 14 febbraio 2013 Napoli – Viktoria Plzen 0-3
Ritorno 16° di finale – giovedì 21 febbraio 2013 Viktoria Plzen – Napoli 2-0